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股东用知识产权出资时，常存在如下瑕疵：
（1）股东知识产权出资纠纷瑕疵
专利权、商标权等的权利人将这些工业产权用于公司出资时，形成瑕疵的主要原因，也是公司所面临的风险就是权利可能被宣告无效或被撤销。因为，可用于公司出资的知识产权一般都有权利凭证，如专利权、商标权、软件著作权等。这类知识产权的取得需经确权程序，因此，也自然存在因对确权的否认而导致权利丧失的情形。法律对已取得的知识产权规定了宣告无效、撤销的程序。若无效、撤销一旦被专利复审委员会或商标评审委员会确定成立，专利权和商标权就不复存在，以工业产权出资的价值就成为零。
若公司在设立时用以出资的无形资产该股东并没有权利处分，但在公司设立后，该股东拿到了其所有权或使用权，则可办理过户登记手续，并由验资机构出具补充验资报告，就不会构成实质性障碍。
（2）股东知识产权出资纠纷交付或过户登记存在瑕疵
股东以知识产权出资时，仅向公司提供有关知识产权的技术资料和权属文件，但未按规定向相关登记机关办理权利转移手续，或者已经在相关登记机关办理权利转移手续，但没有向公司提供有关知识产权的技术资料。这种情形就要交付知识产权的技术资料和权属文件并办理权利转移手续。
（3）股东知识产权出资纠纷评估存在瑕疵
知识产权作为非货币形式的出资，最重要的在于价值的确定，科学、合理、真实、公平地确定知识产权的价值，有利于知识产权成为公司的真实资本和合理股份。一旦出现评估不实的情况就构成知识产权出资瑕疵。
实践操作中，若公司设立时对出资的无形资产未作评估，或评估价格不实，则需重新由评估机构对无形资产进行评估。对于评估低于出资的部分，由责任股东以货币形式予以补足；评估高于出资的部分，则归公司所有。比如实际仅值1000万的无形资产，评估3000万作为出资。此时应该计提2000万减值，或者由股东补足4000万现金。为避免日后出现纠纷，无责任股东还要同时出具免责说明书，表示不再追究出资瑕疵或出资不实的股东的责任。
（4）与公司主营业务无关的产权出资瑕疵
以经营性资产出资，需要同时将与该业务密切关联的商标、特许经营权出资折股。实际操作中，公司股东以某项发明专利评估作价投入公司，但是，该项专利与公司实际从事的主营业务并无密切关系，投入公司后未产生相关效益。这种情况下，可认定股东并未真正履行出资义务，该股东应以货币或者其他与公司业务有关的非货币资产进行等额置换，否则会导致出资不实之情形出现。
（5）高新技术成果出资瑕疵
以高新技术成果出资，为避免造成瑕疵，需要注意用于出资的高新技术成果，应当属于国家科委颁布的高新技术范围；是公司主营产品的核心技术；技术成果的出资者对该项技术合法享有出资入股的处分权利，保证公司对该项技术的财产权可以对抗任何第三人；而且该高新技术成果已经通过国家科委或省级科技管理部门的认定。同时，成果出资者应当与其他出资者协议约定该项成果入股使用的范围、成果出资者对该项技术保留的权力范围，以及违纪责任等。
