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虽然货币出资被立法认为是最完美的出资形式。但仍然存在出资瑕疵的问题，实务中，股东出资纠纷最常出现的情形是未按期足额缴纳认缴出资。
股东没有在规定的期限内交足出资，就构成了未按期足额出资瑕疵的股东出资纠纷。实践操作中主要解决方法是，由原股东以货币形式补足出资差额。这种方式包括两种：一是股东再拿出现金资产补足，这是最简单直接的方法。二是股东以应付该股东的应付股利(例如未分配利润，经过股东大会或股东会作出利润分配决议后产生应付该股东的股利)。但股权法律咨询顾问也有观点认为，公司不可以用自身的资本公积和未分配利润补交公司当初设立时的注册资本。这种观点认为，注册资本出资应以股东自有财产出资。就算补交，也应是股东的自有财产，而资本公积金和未分配利润尚未分配给股东，尚属公司财产，还不属于股东财产。至于资本公积和未分配利润能否弥补出资的问题，股权法律咨询顾问认为，资本公积和未分配利润是公司的财产同时也是股东的权益，并且根据公司法的规定，资本公积金和未分配利润可以拿来增加注册资本和扩大生产经营。其他情形也可以固定资产、无形资产或债权予以补足。
对于应补足的金额，一般而言应该缺额多少补多少。更谨慎完善的做法是按照近期末财务报表每股净资产折算出来的金额补足，剩余部分计入资本公积。
同时，尽管《公司法》对出资不到位的情况已有明确的责任归属，即责任股东要负补缴义务、其他股东负连带责任，但为避免出现不必要纠纷，责任股东或相关股东要出具对该出资瑕疵承担相应责任的承诺。
