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1、国内酵素行业处于发展初期，市场尚不规范
酵素起源于日本，酵素产业在台湾、日本及欧美地区发展成熟，在国内属于“舶来品”。国内消费者最初接触酵素从海外代购开始，目前从国外代购仍是酵素的主要消费模式。国内企业于近几年才开始生产酵素，绝大多数企业的生产技术来源于台湾和日本，行业起步较晚，尚未形成市场规模。目前，国内尚无针对酵素产品的任何标准，由于没有统一的产品生产标准和质量标准，部分商家在产品中添加其他成分，很多产品无限夸大产品功效误导消费者，产品质量难以保障，市场较混乱。
2、行业研究水平薄弱，技术水平参差不齐
酵素在国内尚属于新兴行业，从事酵素研究的科研人才较少，酵素产品的基础研究薄弱，缺少理论支撑，对产品成分和功效研究相对滞后。酵素行业存在较高的技术门槛。国内研发实力强、生产水平高的酵素生产企业少，多数酵素生产企业存在生产技术不规范、规模小的特点，行业整体技术水平参差不齐。
3、具有民族特色的酵素产品正占据一席之地
尽管国内酵素行业起步晚，但具有民族特色的药食同源酵素发展势头较好。“药食同源”目前还没有统一的定义，通常是指许多中药材既是药品又是食品，它们之间并无绝对的分界线。我国中草药资源非常丰富，约有五千余种，常用的有近千种，中医应用中草药防病治病已有数千年的历史,积累了丰富的经验。我国素有“药食同源”之说，万物均为食，万物均为药，食物与药物同源、同用，药食同源植物因其具有药物、食物两用的功能，在中医传统营养学中发挥着重要的作用。
现代营养学是从微观着眼，强调以营养素为核心，把食物和一些药物的营养成分进行定量分析，根据测定的人体每日摄取量来判定食物或者药物的摄入量，从而满足人体生理需要。药食同源酵素是以中医传统营养学和现代营养学理论为基础，采用发酵技术，温和提高其药性，增强对人体具有营养作用的营养素。目前市场上药食同源酵素有阿胶枸杞酵素、雪梨罗汉果酵素、人参酵素等，适用人群更具针对性，消费者认可度较高。
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